La filtrele in profunzime filtarea se face in adincimea mediului de filtrare.

Asfel capacitatea de retinere este mult mai mare decat la filtrarea de suprafata. Un dezavantaj al filtrarii in profunzime este ca separarea are loc intr-un spectru mai larg, ceeace inseamna ca un filtru de profunzime de 100 microni va retine si particule de 50 microni sau chiar mai fine.

Acesta poate uneori indeparta particule utile.

Filtrul in profunzime este disponibil in diferite forme: ca filtru lumanare, filtru sac sau placa filtranta.

Alegerea intre filtrul de suprafata si cel de profunzime este o foarte importanta decizie.